- 在星奏学院里,学生被分为两类,一类是就读于普通科的平凡学生,另一类是就读于音乐科的能够看见音乐精灵的演奏天才。在一次偶然中,普通科的日野香穗子(高木礼子 配音)撞见了音乐精灵莉莉(水桥香织 配音)。莉莉赠予了完全不同音律的香穗子一把魔法小提琴,只要和小提琴心意相通,就算是完全没有经验的初学者也可以演奏出美妙的旋律。
- C.E.70年2月,地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月,在“非我即敌”的观念驱使下,地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候,就在自己的眼前,少年真·飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物,就只有妹妹掉落的手机……获救之后,背负着家仇的…